فرخنده آقایی رمان نویس ایرانی در ۲۱ بهمن ۱۳۳۵ در تهران در خانواده‌ای متوسط به دنیا آمد. دیپلمش را از دبیرستان شهرزاد گرفت. سپس کارشناسی رشته‌ی مدیریت اداری را از دانشگاه الزهرا و کارشناسی ارشد رشته‌ی جامعه‌شناسی را از دانشگاه تهران دریافت کرد.
او از جوانی، به داستان‌نویسی علاقه‌مند بود و داستان‌نویسی حرفه‌ای را از ۱۳۶۰ ش آغاز کرد. نخستین اثر چاپ شده‌ی او مجموعه داستان تپه‌های سبز (۱۳۶۶ ش) نام دارد؛ در حالی که نخستین اثرش مجموعه داستانی بود به نام راز کوچک که در سال ۱۳۴۶ ش تالیف کرد اما با تأخیری چندساله و با اصلاحاتی در ۱۳۷۲ ش، به چاپ رسید. این اثر جایزه‌ی بهترین مجموعه داستان کوتاه مجله‌ی گردون (قلم زرین گردون) را دریافت کرد.
او دو مجموعه داستان دیگر با نام‌های یک زن یک عشق (۱۳۷۶ ش) و دو رمان جنسیت گمشده (۱۳۷۹ ش)، گربه‌های گچی (۱۳۸۲ ش)، از شیطان آموخت و سوزاند (۱۳۸۴ ش) را نیز در کارنامه‌ی ادبی‌اش ثبت کرده است. رمان از شیطان آموخت و سوزاند جایزه‌ی دوره‌ی هفتم منتقدان و نویسندگان مطبوعات را دریافت کرد. برخی برآن‌اند که این اثر حاوی مطالبی نو از دیدگاه جامعه‌شناسی است.
همچنین چند داستان از آقایی در دو گزیده به نام‌های بیست داستان از بیست نویسنده‌ی زن ایرانی (۱۳۸۰ ش) و در آستانه‌ی فصلی سرد (۱۳۸۰ ش) منتشر شد و در ۱۳۸۱ ش، احوال و آثار او در کتاب یک عکس یادگاری با فرخنده آقایی چاپ شد. علاوه بر این، داستان‌هایش در مجلاتی چون شباب، تکاپو، گردون، زنان، کارنامه، فصلنامه‌ی پایاب انتشار یافته است.
سبک داستان‌نویسی آقایی گاهی رئالیستی و گاهی سوررئالیستی است. او در داستان‌های رئالیستی از جمله در راز کوچک و بخت اول به شخصیت، عواطف، حالات، وضعیت زنان توجه می‌کند. زنان داستان‌هایش بیشتر شهرنشین و درگیر نوعی سرگردانی . آشفتگی در مقابله با مشکلات و فشارهای زندگی‌اند. در داستان‌های کوتاهش با جزئی‌نگری و زبانی ساده و روان، پدیده‌های اجتماعی را بازنگری می‌کند و با استعاره تأثیر مسائل اجتماعی را در شخصیت افراد نشان می‌دهد. فقر، جهل و نادانی، ناامنی، بیماری، ناامیدی، بی‌اخلاقی، طغیان، مرگ به وضوح در داستان‌های او به چشم می‌خورد. نویسنده در داستان‌هایش از منظر شخصیت‌ها، که در مرکز مشکلات جای دارند، زوایای پنهان جامعه‌ی مدرن امروزی را نشان می‌دهد. داستان‌های سوررئالیستی او مثل دو داستان پردیس، صدای دریا و نسترن در باد، ظاهراً ساده ولی عمیق و پیچیده‌اند. مخاطب فضای داستانی را باور می‌کند که به دنیایی دیگر تعلق دارد. در این داستان‌ها نویسنده نوع دیگری از روابط را با لحن متفاوتی بیان می‌کند.
آقایی به دعوت انجمن جهانی قلم در ۲۰۰۱ یک سال در ایتالیا اقامت کرد. او اکنون (۱۳۹۳ ش) ساکن تهران است و جدیدترین کتابش، خاطراتش از سفر حج را به دست انتشار سپرده است.
